Asosiasi Gen MC4R Terhadap Ukuran-Ukuran Tubuh Sapi PO Kebumen Pada Saat Lahir Dan Sapih - Maharani, Dyah (2016)
Gen Melanocortin-4 receptor (MC4R) adalah salah satu gen yang berperan dalam pengendalian perilaku makan dan homeostatis energi. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahui hubungan antara gen MC4R dengan ukuran-ukuran tubuh sapi PO Kebumen pada saat lahir dan sapih. Penelitian ini dilaksanakan dari bulan Agustus sampai dengan Desember 2015 di Kecamatan Klirong, dan di Laboratorium Pemulian Ternak Fakultas Peternakan UGM. Materi yang digunakan meliputi 60 sampel darah sapi PO Kebumen, data recording pertumbuhan dan seperangkat alat analisis DNA. Metode yang digunakan meliputi studi referensi sekuen DNA, koleksi darah, isolasi DNA, PCR, PCR-RFLP dan analisis hubungan fenotip dan genotip. Data ukuran tubuh yang digunakkan untuk analisis meliputi panjang badan, lingkar dada, tinggi gumba saat lahir dan sapih. Primer yang digunakan dalam penelitian ini adalah forward: 5’-GTCGGGCGTCTTGTTCATC-3’ dan reverse: 5’-GCTTGTGTTTAGCATCGCGT-3’ dengan genbank No. EU366350.1. Produk PCR berupa hasil amplifikasi fragmen DNA spesifik (493 bp) dari gen MC4R kemudian didigesti dengan menggunakan enzim retriksi HpyCH4IV pada SNP 1133 C>G. Penelitian ini menghasilkan dua macam alel yaitu alel C dan alel G serta menghasilkan tiga macam genotip yaitu CC, GG, dan GC. Frekuensi alel G (0,59) lebih besar dari alel C (0,41) sedangkan untuk frekuensi genotip CG(0,52) lebih tinggi dari frekuensi genotip CC (0,33) dan GG (0,15). Hasil analisis asosiasi gen MC4R terhadap ukuran tubuh menunjukkan terdapat perbedaan yang nyata antara panjang badan saat lahir dan genotip sapi PO Kebumen berdasarkan gen MC4R dengan SNP 1133 C>G (P<0,05). Ternak dengan genotip GG (66,34±6,73cm) mempunyai ukuran panjang badan lahir tertiggi dibandingkan dengan genotip CC (65,43±7,21cm) dan GC (59,47±5,77cm). Kesimpulannya, SNP yang digunakan dalam penelitian ini kemungkinan besar dapat digunakan sebagai dasar seleksi pada sapi PO Kebumen untuk ternak dengan panjang badan lahir yang tinggi.